Когда заметили, что дитя совсем не принимает материнское молоко, отец поспешно отправился в путь вместе с сыном, боясь, чтобы младенец не умер от голода. В пустыне к ним подбежала белая лань и, накормив малютку своим молоком, побежала вперед, как бы указывая им путь. Так они дошли до монастыря, близ города Гермополя. Игумен, извещенный об этом свыше, встретил их и взял святого Онуфрия к себе на воспитание. Простившись с сыном, царь ушел и до своей кончины не переставал посещать монастырь. Лань же кормила святого Онуфрия до трехлетнего возраста.
Когда отроку исполнилось 7 лет, с ним произошло чудо. Ключарь монастыря каждый день давал ему часть хлеба. Святой Онуфрий, посещая храм, подходил к иконе Пресвятой Богородицы с Предвечным Богомладенцем на руках, в своей ангельской простоте обращался к Богомладенцу Иисусу со словами: “Ты такой же Младенец, как и я; но Тебе ключарь не дает хлеба, поэтому возьми мой хлеб и ешь”. Младенец Иисус протягивал Свои руки и брал у святого Онуфрия хлеб... Однажды ключарь заметил это чудо и сообщил обо всем игумену. Игумен приказал в следующий день не давать святому Онуфрию хлеб, а послать его к Иисусу за хлебом. Святой Онуфрий, повинуясь словам ключаря, пошел в храм, стал на колени и, обращаясь к Богомладенцу на иконе, сказал: “Ключарь не дал мне хлеба, а послал к Тебе за получением его; дай мне хоть кусочек, ибо я сильно проголодался”. Господь дал ему чудесный и прекрасный хлеб, притом столь большой, что святой Онуфрий едва отнес его к игумену. Игумен вместе с братией прославили Бога, дивясь благодати, почившей на святом Онуфрии.
В десятилетнем возрасте святой Онуфрий ушел в пустыню, желая подражать святым пророкам Илии и Иоанну Предтече. Когда он тайно ночью вышел из монастыря, пред ним явился луч света, указавший ему путь к месту его пустынных подвигов. Здесь святой Онуфрий нашел дивного старца-пустынника, с которым он прожил некоторое время, обучаясь у него правилам пустынножительства. Через несколько лет старец скончался, и святой Онуфрий шестьдесят лет прожил в полном одиночестве. Много скорбей и искушений претерпел он за это время. Когда истлела его одежда и он сильно страдал от зноя и холода, Господь одел его густым покровом волос на голове, бороде и теле. Тридцать лет ангел Божий ежедневно приносил ему хлеб и воду, а последние 30 лет он питался от финиковой пальмы, выросшей, по милости Божией, около его пещеры, имевшей 12 ветвей, которые поочередно ежемесячно приносили плоды. Воду он пил теперь из источника, чудесно открывшегося у пещеры. В. течение всех 60 лет ангел Божий приходил к преподобному Онуфрию в праздничные дни и причащал его Святых Христовых Тайн.
Повествователь житий многих пустынножителей преподобный Пафнутий сообщает, что когда он, водимый Божественным промыслом, пришел к пещере, где жил преподобный Онуфрий, то сильно испугался, увидев преподобного, обросшего белыми волнистыми волосами. Преподобный Пафнутий хотел бежать, но преподобный Онуфрий остановил его словами: “Человек Божий, не бойся меня, ибо я такой же грешный человек, как и ты”. Это успокоило преподобного Пафнутия, и между подвижниками состоялась долгая беседа.
Преподобный Онуфрий рассказал о себе, как пришел в это место и сколько лет здесь прожил. Во время беседы вдруг, неизвестно кем, посреди пещеры поставлен был хлеб и сосуд с водой. Подвижники, подкрепившись пищей, долго еще беседовали и молились Богу. На другой день преподобный Пафнутий заметил, что лицо преподобного Онуфрия сильно изменилось. Преподобный Онуфрнй же сказал: “Бог послал тебя, Пафнутий, для погребения моего, ибо сегодня я завершу свое служение Богу в мире сем”. Преподобный Пафнутий стал просить преподобного Онуфрия, чтобы ему позволено было остаться жить на этом месте в пустыне, но преподобный Онуфрий не разрешил ему, говоря: “Бог избрал тебя для того, чтобы ты, посетив многих пустынников, поведал инокам и всем христианам о их жизни и подвигах, поэтому возвратись к своей братии и поведай, что Господь услышал моления мои, и что всякий, чтущий память мою каким бы то ни было образом, удостоится Божия благословения; Господь поможет ему благодатию Своею во всех благих начинаниях на земле, а на Небе примет в святые селения”.
Сказав еще много назидательных слов, преподобный Онуфрий помолился Богу, лег на землю и, крестообразно сложив руки на груди, преставился ко Господу. Лицо его просияло как солнце, и пещера наполнилась благоуханием; послышалось ангельское пение и дивный Божественный глас: “Оставь бренное тело, возлюбленная душа Моя, чтобы Мне взять тебя в место вечного упокоения со всеми избранными Моими”. Преподобный Пафнутий предал погребению честное тело великого подвижника и возвратился в свой монастырь, прославляя Господа.